Fatih Sultan Mehmet’in küçük oğlu. Edirne Sarayı’nda doğdu. Dokuz yaşına gelince Kastamonu sancak beyliğine gönderildi ve öğrenimine orada devam etti. Kardeşi Mustafa’nın 1474 yılında ölümü üzerine onun yerine, Karaman valiliği görevi ile Konya’ya gitti. Konya’da kaldığı altı yıl içinde öğrenimine devam etmekle beraber, ata binmekte, avlanmakta ve başka sporlarda ustalık kazındı. Larende’de (Karaman) saray, bedesten, çarşı yaptırdı.
cem_sultanFatih’in ölümü üzerine, sadrazam Karamam Mehmed Paşa, Amasya valisi bulunan Bayezid’e taraftar yeniçerilerin isteklerine uyarak Amasya’ya bir haberci göndermiş diğer taraftan da kendi adamlarından birini bir mektupla gizlice Cem Sultan’a yollamıştı. Amacı Şehzade Bayezid gelmeden Cem Sultan’ı getirip tahta çıkarmaktı. Fakat gönderdiği ulak Anadolu beylerbeyi Sinan Paşa tarafından yakalanarak öldürüldü.
Hükümdarlığı kaybeden Cem Sultan, tahtı zorla ele geçirmek kararı ile kardeşine karşı ayaklandı. Konya1 da topladığı kuvvetlerle acele Bursa üzerine yürüdü. Yapılan ‘savaşta Ih Bayezid’in kuvvetlerini yendikten sonra şehri ele geçirdi. Cem Sultan, Bursa ve civarına hakim olup 18 gün saltanat sürdü, adına hutbe okutup para bastırdı.
Cem Sultan, H. Bayezid’e haber göndererek, Anadolu yakasının kendisinde, Rumeli yakasının Bayezid’ de kalmasını teklif etti. Bayezid bu teklifi kabul etmeyince Cem Sultan taraftarlarıyla Yenişehir civarında yeniden savaşa tutuştular (20 Haziran 1481.) Savaşın en tehlikeli zamanında Afşinoğlu Yakup Bey kuvvetleriyle Bayezid tarafına geçti. Ordunun diğer yöneticileri de askerleri ile birlikte Cem’e ihanet ettiler. Cem de zaferden ümidini kesti, savaş alanını terk edip önce Eskişehir’e oradan Konya’ya gitti.